根据教育部制定的《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》，作物生理生态与遗传育种重点实验室是依托江西农业大学具有相对独立性的科研实体，江西农业大学赋予实验室相对独立的人事权和财务权，为独立的预算单位，在资源分配上计划单列，与学院平行。重点实验室通过实行《作物生理生态与遗传育种省部共建教育部重点实验室管理条例》，以确保实验室建设、运行、开放和管理工作的顺利进行。

 实验室的运行机制采用学术委员会指导下的主任负责制，设立主任一名，副主任4名，其中一名专职副主任，学术委员会负责把握实验室学术研究方向，定期听取实验室主任的工作汇报，对实验室的管理工作提出建议和指导，并对研究成果进行综合评估，学术委员会委员定期为实验室作学术报告。

 实验室的内部管理实行主任领导下的课题组组长负责制，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。实验室主任负责实验室的全面工作，包括研究课题的选定、实验室建设规划、实验室人事安排、研究经费规划与审批、实验室运行经费的筹划、国内外学术交流活动的组织安排等；专职副主任负责实验室的日常管理；实验室设立专职秘书1名，协助实验室的日常管理工作；课题组组长在实验室主任的领导下，具体负责本研究方向的建设规划，组织项目研究方案的制定和实施。实验室设立专门的仪器设备管理人员2名，负责仪器设备的日常运行及维护。实验室成员或合作单位人员，在本实验室进行研究工作前必须向课题组组长提交完整的实验计划和设备及材料使用清单，经课题组组长同意后方可进入课题组开展工作。

 按照教育部《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》，结合本实验室的特点，制定了一系列实验室运行的规章制度，确保了实验室的正常运行。主要包括《实验室开放制度》、《实验室仪器设备管理制度》、《实验室安全制度》、《实验室学术委员会活动章程》、《实验室科研工作管理制度》等14项规章制度。

 成立了以官春云院士为主任，谢华安、颜龙安、罗锡文、陈温福院士为副主任，由11人组成的实验室学术委员会。学术委员会设主任1名、副主任4名，学术委员会主任由依托单位江西农业大学提名，报主管部门任命。学术委员会副主任和委员由江西农业大学聘任。学术委员会的主要职能是：根据实验室的性质和学科发展的趋势，确定实验室目标、任务和研究方向，制订和批准实验室的中长期规划，审议实验室的重大学术活动、年度工作，学术委员会一般于每年的1月召开全体会议，审议和评定实验室各项课题进展，评审实验室的研究成果，审批开放课题，评议实验室工作质量和服务质量，并提出改进意见。